En 1960, au lycée Bugeaud d'Alger, pendant les événements dramatiques qui marquent la fin de la guerre d'indépendance de l'Algérie, s'ébauche une amitié sans faille entre trois élèves, un surveillant et un professeur de l'établissement : Stefano Buenvenutto, Oreste Bramard et Michel Garousset, lycéens ; Philippe Courtillac, professeur de physique ; Ernest Bourbaki, surveillant et, accessoirement, membre de l'OAS.

Vingt ans plus tard, à Paris, les cinq hommes créent un cercle de recherches dédié à l'étude et à la conservation d'inestimables archives historiques disparues depuis plus de mille ans. Ces archives, conservées à l'origine dans le sanctuaire de Qadisha, au nord de l'actuel Liban, remontent aux premiers siècles de notre ère. Elles se composent de textes manuscrits et d'une relique mythique : l'authentique tête, suppliciée et embaumée, de saint Jean-Baptiste. Pour les conserver à l'abri des convoitises, les cinq amis ont aménagé une crypte, dans les anciennes carrières situées sous le cimetière du Montparnasse. Mais l'assassinat d'un de leurs proches, puis celui de Michel Garousset, au beau milieu du cimetière, sonnent comme un signal d'alarme. Gustave Mugniard, le lieutenant de police d'abord chargé de l'enquête, est mis d'office à la retraite. Il offre alors ses services aux membres survivants du « cercle Qadisha ».